基因工程疫苗是用DNA重組技術，將編碼病原微生物保護性抗原的基因導入原核或真核細胞，使其在受體細胞中高效表達，分泌保護性抗原蛋白。提取保護性抗原蛋白，加入合適佐劑即制成基因工程重組亞單位疫苗。應用重組DNA技術研制重組亞單位疫苗，必須有合適的表達系統(tǒng)用于生產目的基因產物。用于該類疫苗生產的表達系統(tǒng)主要有原核生物、真菌、昆蟲細胞和哺乳類細胞。其中，最常用的原核生物是大腸埃希氏菌(E.coli)和枯草桿菌(Bacillus subtilis)。

　　圓環(huán)病毒基因工程苗兩類:一類是亞單位疫苗，如BI的PCV-2疫苗(CircoFlex)和英特威/SP的PCV-2疫苗(Circumvent)，原理是將PCV-2基因組中編碼免疫原性蛋白的ORF2片段插入到中，通過培養(yǎng)昆蟲細胞中, 昆蟲桿狀病毒即可快速、大量增殖，獲得具備免疫原性的PCV-2核衣殼蛋白，再加入佐劑將其制備成疫苗。另一類是嵌合病毒滅活苗，原理是用PCV-2的ORF2片段置換不致病的PCVl中的0RF2片段，即獲得了PCVl-PCV-2嵌合病毒，具有與PCV-2類似的免疫原性。富道動物保健公司研制的PCV-2疫苗即是采用了這種技術，最先認為該嵌合病毒可作為活苗應用，但試驗中發(fā)現活苗中的嵌合病毒易被母源抗體中和，遂將其滅活，加入佐劑后制得PCV-1-PCV-2嵌合滅活苗。雖然產品生產本身的費用不一定高，但產品研究和開發(fā)的費用通常都較高。免疫原性通常比復制性完整病原體差，需要多次免疫才能得到有效保護;全病毒滅活疫苗是將免疫原性優(yōu)良的PCV-2在PK15細胞中增殖獲得高效價的全病毒抗原(104.5TCID50/ml)，若從PK15中克隆出對PCV-2更為敏感的克隆細胞PKK，再經微載體懸浮培養(yǎng)生產工藝就可以生產出效價更高(107.0TCID50/ml)的全病毒抗原。只要病毒抗原效價高于106.0TCID50/ml就可以達到制苗要求，然后通過現代滅活技術和工藝讓病毒完全失去感染性，加入礦物油佐劑就可以制備出有效的全病毒滅活疫苗。全病毒滅活疫苗使用油質佐劑免疫保護效果遠遠優(yōu)于水質佐劑(這也是五號病、流感疫苗使用油佐劑的原因)，其中法國SEPPIC公司的Montanide ISA 206雙相油乳劑(W /O/W)更安全、穩(wěn)定、有效，品質最為卓越。